Medizinische Fakultät der Universität des Saarlandes
Humangenetik
Leitung: Prof. Dr. Eckart Meese
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A software tool for predicting granzyme B and caspase cleavage sites

Abstrakt

 

Caspasen und Granzym B sind Proteasen, die den Primärspezifität am Carboxylende der Aspartatreste in ihre Substrate spalten teilen. Sowohl Caspasen und Granzym B sind Enzyme, die in der Grundlagen zellulären Prozessen beteiligt werden und spielen eine zentrale Rolle im apoptotischen Zelltod. Obwohl verschiedene Ziele beschrieben werden, warten auf vielen Untergründen noch Identifikation und vielen Schnittstellen von bekannten Substrate nicht identifiziert oder experimentell verifiziert. Hier stellen wir ein Werkzeug "GraBCad", die Partitur-basierte Vorhersage möglicher Schnittstellen für die Caspasen 1-9 und Granzym B einschließlich einer Abschätzung der Fragmentgröße bietet.

 

Download:

Dieses Tool ist in Java geschrieben und als Applikation verfügbar


Wenn Ihr Browser kein Java unterstützt, benötigen Sie die Java © Runtime Environment (JRE) Version 1.4.x, die Sie hier herunterladen können installieren.


Wenn Sie GraBCad als Anwendung verwenden möchten, müssen Sie die JAR-Datei herunterladen. Geben Sie Folgendes in die Befehlszeile ein:
java -jar GraBCas.jar

 


Verwendung

 

Das Programm wird mit einer selbst beglaubigten Signatur unterzeichnet, um die Berechtigungen für "copy & paste" für das Applet zu ermöglichen. Nach dem Programmstart oder dem Applet erklärt ein Sicherheitsdialog wer das Applet signiert und bietet vier Optionen an:

 

  • Gewähren der Sitzung: Wenn das ausgewählt ist, wird für das Applet "Copy & Paste" die Erlaubnis erteilt werden. Jedem Applet Neustart wird in der gleichen Browser-Sitzung automatisch vertraut.
  • Verweigern: Wenn das ausgewählt ist, startet das Applet nicht.
  • Gewähren immer: Wenn das ausgewählt ist, wird dem Applet "Copy & Paste" die Erlaubnis erteilt werden. Jedem Applet Neustart kann in Zukunft vertraut werden, und es wird kein Sicherheitsdialog mehr auftauchen.
  • Mehr Info: Wenn das ausgewählt ist, können die Benutzer die Attribute des Zertifikats prüfen.


Um einen Text aus der Zwischenablage einzufügen kann man jedes System nutzen. (Mac, Unix und Windows)

 

ctr-v 

Abstrahiert das Eingabeformular. Fügen Sie eine Aminosäuresequenz, in Großbuchstaben (ohne fasta header) in das Eingabeformular ein und wählen Sie eine Punktzahl cutoff. Drücken Sie die OK-Taste, und das Programm wird die Schnittstellen für Granzym B und Caspase 9.1 zu berechnen. Die Ausgabe für jedes Enzym wird auf getrennten Registerkarten präsentiert. Das Scoring reicht von 0-100 wobei 100 identisch mit der Consensus-Erkennungsmotiv des entsprechenden Endopeptidase. Die vorgeschlagenen Spaltungsstellen werden auf der Grundlage der Ähnlichkeit mit dem Konsensuserkennungsmotiv, die auf experimentelle Daten von Thornberry et al. (1997) beruhen, berechnet. Unser Ansatz wird durch das folgende Beispiel für eine mögliche Spaltstelle "VPLD" für Granzyme B veranschaulicht:

 

 

Die Verteilung der möglichen Spaltstellen in der Aminosäuresequenz und ihrer geschätzten Molekulargewichte werden auch auf Anfrage angezeigt. Zwei optionale Filter für Granzym B und Caspase 3, die beide auf Basis von Daten von bekannten Spaltstellen, ermöglichen Berücksichtigung von zusätzlichen Aminosäuren.